Here is a list of all namespace members with links to the namespace documentation for each member:

- a -

• action : old-ToMA, ToMA-cli
• apf0 : depracated_single_mode
• apf1 : depracated_single_mode
• apf2 : depracated_single_mode
• apf_checks : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode
• args : old-ToMA, ToMA-cli
• atoms : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode

- c -

• calculate_APF() : depracated_process, depracated_single_mode, process
• choices : old-ToMA
• cokernel : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode, old-ToMA, ToMA-cli
• comp_file : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode
• comp_name : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode
• comp_tab : deprecated__batch_mode
• compute() : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode, process
• config_file : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode
• config_name : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode
• configuration : old-ToMA, ToMA-cli
• configuration_file : old-ToMA, ToMA-cli
• convert_simps_to_oineus() : depracated_process, depracated_single_mode, process
• copyright() : info

- d -

• default : old-ToMA
• dfVis : deprecated__batch_mode
• dimension : deprecated__batch_mode
• display_plots() : deprecated__batch_mode

- f -

• file_ext : old-ToMA, ToMA-cli
• file_format : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode, old-ToMA, ToMA-cli
• file_path : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode

- g -

• generate_display() : visualisation
• generate_plots() : deprecated__batch_mode, plots
• generate_visulisation_df() : visualisation
• get_0_and_1_cycles() : visualisation
• get_neighbour_cells() : visualisation
• get_representative_loops() : visualisation

- h -

• help : old-ToMA, ToMA-cli

- i -

• image : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode, old-ToMA, ToMA-cli

- k -

• kernel : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode, old-ToMA, ToMA-cli
• key : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode

- l -

• license() : info
• license_page : devel-ToMA-gui
• load_computation_settings() : depracated_single_mode, toma_io
• load_configuration_settings() : depracated_single_mode, toma_io
• loaded : depracated_single_mode
• loop_composition() : visualisation

- m -

• manual_compute : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode
• manual_config : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode
• mode : deprecated__batch_mode, old-ToMA, ToMA-cli
• mode_config : old-ToMA, ToMA-cli
• multi_mode : devel-ToMA-gui

- n -

• n_threads : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode, old-ToMA, ToMA-cli
• name_bold() : info

- o -

• oineus_compare() : depracated_process, depracated_single_mode, process
• oineus_filtration() : depracated_process, depracated_single_mode, process
• oineus_kernel_image_cokernel() : depracated_process, depracated_single_mode, process
• oineus_pair() : depracated_process, depracated_single_mode, process
• oineus_process() : depracated_process, depracated_single_mode, process
• on_click : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode

- p -

• params : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode
• parent_dir : old-ToMA, ToMA-cli
• parser : old-ToMA, ToMA-cli
• pd0 : depracated_single_mode
• pd1 : depracated_single_mode
• pd2 : depracated_single_mode
• pd_checks : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode
• pg : devel-ToMA-gui
• placeholder : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode
• plot_APF() : plots
• plot_APFs() : plots
• plot_buttons : deprecated__batch_mode
• plot_kernel_image_cokernel_PD() : plots
• plot_PD() : plots
• plot_PDs() : plots
• plot_tab : deprecated__batch_mode
• plotted : depracated_single_mode
• processed : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode

- r -

• radii : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode
• read_computation_settings() : depracated_process, depracated_single_mode, toma_io
• read_configuration() : depracated_process, depracated_single_mode, toma_io
• read_oineus_settings() : depracated_process, depracated_single_mode, process
• read_sample() : depracated_process, depracated_single_mode, process
• repeat_x : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode
• repeat_y : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode
• repeat_z : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode

- s -

• same_config_file : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode
• sample_at() : depracated_process, depracated_single_mode, process
• sample_end : deprecated__batch_mode, old-ToMA, ToMA-cli
• sample_index : depracated_single_mode
• sample_start : deprecated__batch_mode, old-ToMA, ToMA-cli
• sample_step : deprecated__batch_mode, old-ToMA, ToMA-cli
• sample_time : old-ToMA, ToMA-cli
• save_plots() : deprecated__batch_mode, old-ToMA, ToMA-cli, toma_io
• selected_row : deprecated__batch_mode
• single_mode : devel-ToMA-gui
• structure_file : old-ToMA, ToMA-cli
• sub_complex() : depracated_process, depracated_single_mode, process

- t -

• test() : deprecated__batch_mode, process
• thickness : depracated_single_mode, deprecated__batch_mode, old-ToMA, ToMA-cli
• to_display : deprecated__batch_mode

- v -

• vis_dgm : deprecated__batch_mode
• vis_tab : deprecated__batch_mode
• viz : deprecated__batch_mode

- w -

• weighted_alpha_diode() : depracated_process, depracated_single_mode, process
• welcome_page : devel-ToMA-gui
• write_dgm_csv() : toma_io